Kuluttajaliiton organisaation ylin päättävä elin on liittokokous, jossa valtaa käyttävät liiton varsinaiset jäsenet. Kyseiset jäsenet ovat pääsääntöisesti ympäri Suomea sijaitsevat riippumattomat ja kaikille avoimet kuluttajayhdistykset, jotka lähettävät edustajansa liittokokoukseen.
Liittokokous valitsee liiton hallituksen. Perinteisesti hallitus on perustanut jäsenistään koostuvat pienemmän työvaliokunnan valmistelemaan hallitukseen tuotavia asioista.