Kuluttajaliiton organisaation ylin päättävä elin on liittokokous, jossa valtaa käyttävät liiton varsinaiset jäsenet. Kyseiset jäsenet ovat ympäri Suomea sijaitsevat riippumattomat ja kaikille avoimet kuluttajayhdistykset, jotka lähettävät edustajansa liittokokoukseen.
Valtuusto valitsee liiton hallituksen. Perinteisesti hallitus on perustanut jäsenistään koostuvan pienemmän työvaliokunnan valmistelemaan hallitukseen tuotavia asioita.